1994ലെ പൊതുതിരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ യു.എന്‍.പി പരാജയപ്പെടുകയും പീപ്പിള്‍സ് അലയന്‍സിന്റെ ചന്ദ്രിക കുമാരതൂംഗെ പ്രസിഡന്റാവുകയും ചെയ്തു. പ്രതിപക്ഷനേതാവ് ഗാമിനി ദിസ്സനായകയെ എല്‍.ടി.ടി.ഇ വധിച്ചതിനുശേഷമായിരുന്നു ഇത്. 1995 ജനവരിയില്‍ വെടിനിര്‍ത്തല്‍ കരാര്‍ നിലവില്‍ വന്നെങ്കിലും തുടര്‍ന്നുള്ള ചര്‍ച്ചകള്‍ ഫലം കണ്ടില്ല. ഏപ്രിലില്‍ എല്‍.ടി.ടി.ഇ വെടിനിര്‍ത്തല്‍ കരാര്‍ ലംഘിക്കുകയും ആഭ്യന്തരയുദ്ധത്തിന്റെ മൂന്നാംഘട്ടം ആരംഭിക്കുകയും ചെയ്തു. 'സമാധാനത്തിനായി യുദ്ധം' എന്ന നയം സ്വീകരിച്ച സര്‍ക്കാര്‍ ജാഫ്‌ന പിടിച്ചെടുക്കാനായി വന്‍തോതില്‍ സൈന്യത്തെ നിയോഗിച്ചു. രണ്ടായിരം എല്‍.ടി.ടി.ഇക്കാരാണ് ജാഫ്‌നയിലുണ്ടായിരുന്നത്. 1995 ആഗസ്തില്‍ എയര്‍ഫോഴ്‌സ് വിമാനം നവാലിയിലെ സെന്റ് പീറ്റേഴ്‌സ് പള്ളിയില്‍ ബോംബ് വര്‍ഷിച്ചതില്‍ 65 അഭയാര്‍ത്ഥികള്‍ ഉള്‍പ്പടെ 125 പേര്‍ കൊല്ലപ്പെടുകയും 150 പേര്‍ക്ക് പരിക്കേല്‍ക്കുകും ചെയ്തു. ഏഴ് ആഴ്ചത്തെ കടുത്ത പോരാട്ടത്തിനുശേഷം ജാഫ്‌ന നിയന്ത്രണത്തിലാക്കുന്നതില്‍ സൈന്യം വിജയിച്ചു. ഒരു ദശകത്തിനുള്ളില്‍ ഇതാദ്യമായിട്ടായിരുന്നു ജാഫ്‌ന സൈന്യത്തിന്റെ നിയന്ത്രണത്തിലായത്. ഡിസംബര്‍ അഞ്ചിന് നടന്ന വലിയൊരു ചടങ്ങില്‍ വെച്ച് പ്രതിരോധമന്ത്രി അനിരുദ്ധ റാത്ത്‌വാട്ടെ ജാഫ്‌ന കോട്ടയില്‍ ദേശീയപതാക ഉയര്‍ത്തി. ജാഫ്‌ന പിടിച്ചെടുക്കുന്നതിനിടയില്‍ 2,500ഓളം വരുന്ന സൈനികരും എല്‍.ടി.ടി.ഇക്കാരും കൊല്ലപ്പെട്ടതായാണ് സര്‍ക്കാരിന്റെ കണക്ക്. ഏഴായിരത്തോളം പേര്‍ക്ക് പരിക്കേറ്റു. എല്‍.ടി.ടി.ഇക്കാര്‍ ഉള്‍പ്പടെ 3,50,000 പേര്‍ക്ക് ജാഫ്‌ന വിടേണ്ടിവന്നു. ഇവര്‍ വണ്ണി മേഖലയിലേയ്ക്ക് പാലായനം ചെയ്യുകയും അടുത്ത വര്‍ഷം തന്നെ ജാഫ്‌നയില്‍ തിരിച്ചെത്തുകയും ചെയ്തു.

1996 ജൂലായ് മാസത്തില്‍ എല്‍.ടി.ടി.ഇ മുല്ലൈത്തീവ് പിടിച്ചെടുത്തു. ആഗസ്തില്‍ സര്‍ക്കാര്‍ വീണ്ടും ആക്രമണം നടത്തുകയും 2,00,000 സാധാരണക്കാര്‍ക്ക് പാലായനം ചെയ്യേണ്ടിവരികയുമുണ്ടായി. സപ്തംബര്‍ 29ന് സൈന്യം കിള്ളിനോച്ചി പിടിച്ചെടുത്തു. എല്‍.ടി.ടി.ഇയുടെ നിയന്ത്രണത്തിലുള്ള വണ്ണിയിലൂടെ ഒരു പാത തുറക്കാന്‍ 1997 മെയ് 13ന് സൈന്യം ശ്രമിച്ചെങ്കിലും പരാജയപ്പെട്ടു. സാധാരണക്കാര്‍ നിരന്തരമായി ഇരുഭാഗത്തും മരിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു. വടക്കന്‍ മേഖലയില്‍ യുദ്ധം തുടരുകയും പല നഗരങ്ങളിലും എല്‍.ടി.ടി.ഇക്കാര്‍ ബോംബ് സ്‌ഫോടനവും ചാവേര്‍ ആക്രമണവും നടത്തുകയും ചെയ്തു. നൂറുകണക്കിന് സാധാരണക്കാരാണ് മരിച്ചത്. 1996ല്‍ കൊളംബോയിലെ സെന്‍ട്രല്‍ ബാങ്കില്‍ എല്‍.ടി.ടി.ഇ നടത്തിയ ചാവേര്‍ ആക്രമണത്തില്‍ 90 പേര്‍ മരിക്കുകയും 1,400 പേര്‍ക്ക് പരിക്കേല്‍ക്കുകയും ചെയ്തു. 1997 ഒക്‌ടോബറില്‍ ശ്രീലങ്കന്‍ വേള്‍ഡ് ട്രേഡ് സെന്ററില്‍ ബോംബ് സ്‌ഫോടനം നടത്തിയ പുലികള്‍ 1998ല്‍ ബുദ്ധക്ഷേത്രമായ 'ടെമ്പിള്‍ ഓഫ് ദ ടൂത്തി'ല്‍ ട്രക്ക് ബോംബ് വയ്ക്കുകയും ക്ഷേത്രത്തിന് നാശം വരുത്തുകയും ചെയ്തു. ഇതിനെത്തുടര്‍ന്ന് സര്‍ക്കാര്‍ എല്‍.ടി.ടി.ഇയെ നിയമവിരുദ്ധമായി പ്രഖ്യാപിക്കുകയും മറ്റ് രാജ്യങ്ങളോട് ഈ ആവശ്യം ഉന്നയിക്കുകയും ചെയ്തു. പണം സമാഹരിക്കുന്നതുള്‍പ്പടെയുള്ള കാര്യങ്ങളില്‍ എല്‍.ടി.ടി.ഇയെ ഇത് പ്രതികൂലമായി ബാധിച്ചു.

1998 സപ്തംബര്‍ 27ന് പുലികള്‍ കിള്ളിനോച്ചി പിടിച്ചടക്കി. 1999 മാര്‍ച്ചില്‍ തെക്കുവശത്തിലൂടെ വണ്ണി ആക്രമിക്കാര്‍ സര്‍ക്കാര്‍ ശ്രമിച്ചു. ഒദ്ദുസുദ്ധാന്‍, മധു എന്നീ പ്രദേശങ്ങള്‍ നിയന്ത്രത്തിലാക്കാന്‍ സൈന്യത്തിന് കഴിഞ്ഞെങ്കിലും മേഖലയില്‍ നിന്ന് പുലികളെ പുറത്താക്കാന്‍ കഴിഞ്ഞില്ല. 1999 സപ്തംബറില്‍ ഘോണാഗലയില്‍ അമ്പതോളം സിംഹളരെ പുലികള്‍ വധിച്ചു. 1999 നവംബര്‍ രണ്ടിന് വണ്ണിയില്‍ എല്‍.ടി.ടി.ഇ വീണ്ടും ആക്രമണം നടത്തുകയും മിക്കവാറും ഭാഗങ്ങള്‍ നിയന്ത്രണത്തിലാക്കുകയും ചെയ്തു. വിജയകരമായി 17 തവണ മേഖലയില്‍ ആക്രമണം നടത്തുകയും ആയിരക്കണക്കിന് പേരെ കൊലപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു. വടക്കന്‍ മേഖലയില്‍ എലഫന്റ് പാസിലേയ്ക്കും ജാഫ്‌നയിലേയ്ക്കും പുലികള്‍ മുന്നേറി. 1999 ഡിസംബറില്‍ തിരഞ്ഞെടുപ്പിന് മുന്നോടിയായുള്ള റാലിയില്‍ ചാവേര്‍ ആക്രമണം നടത്തി പ്രസിഡന്റ് ചന്ദ്രിക കുമാരതുഗയെ വധിക്കാന്‍ എല്‍.ടി.ടി.ഇ ശ്രമിച്ചു. ചന്ദ്രികയ്ക്ക് ഒരു കണ്ണ് നഷ്ടപ്പെട്ടു. തിരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ റാനില്‍ വിക്രമസിംഗയെ പരാജയപ്പെടുത്തി തുടര്‍ച്ചയായി രണ്ടാമതും പ്രസിഡന്റ് ആയി. 2000 ഏപ്രില്‍ 22ന് എലഫന്റ് പാസ് പൂര്‍ണമായും എല്‍.ടി.ടി.ഇയുടെ നിയന്ത്രണത്തിലായി. ഇതിനെത്തുടര്‍ന്ന് സൈന്യം തെക്കന്‍ ജാഫ്‌ന പിടിച്ചെടുക്കാന്‍ ഓപ്പറേഷന്‍ അഗ്നി കീലയിലൂടെ ശ്രമിച്ചെങ്കിലും പരാജയപ്പെട്ടു. ജാഫ്‌നയില്‍ പുലികള്‍ നിരന്തരമായി സമ്മര്‍ദ്ദം ചെലുത്തിയെങ്കിലും നഗരത്തിന്റെ നിയന്ത്രണം സൈന്യം കഷ്ടിച്ച് നിലനിര്‍ത്തി.